Sekolah unggulan biasanya berisikan siswa-siswa berprestasi. Sementara sekolah non-unggulan lebih banyak diisi siswa yang memiliki kemampuan rata-rata.
Kendati demikian, kendala yang terjadi mengenai sistem zonasi itu adalah kurangnya kuota penerimaan siswa karena sekolah negeri di tiap kecamatan tidak sebanding dengan jumlah peminat.
Akibatnya, banyak orang tua yang ‘menghalalkan’ segala cara supaya anaknya bisa masuk ke sekolah negeri. Baik dengan pungli, mencurangi sistem, dan melakukan manipulasi.