Sebagai seorang independen, Anies Baswedan bergabung dengan Kemitraan bagi Pembaruan Tata Pemerintahan, yaitu sebuah lembaga non-profit yang berfokus pada reformasi birokrasi di berbagai daerah di Indonesia dengan menekankan kerjasama antara pemerintah dengan sektor sipil. Selain itu, ia juga menjabat sebagai Direktur Riset The Indonesian Institute yang merupakan lembaga penelitian kebijakan publik yang didirikan pada Oktober 2004 oleh aktivis dan intelektual muda yang dinamis. Kariernya di The Indonesian Institute tentu tidak terlepas dari latar belakang pendidikannya di bidang kebijakan publik.
Pada 15 Mei 2007, secara resmi Anies Baswedan dilantik menjadi Rektor Universitas Paramadina menggantikan posisi rektor sementara, Sohibul Iman. Saat itu, ia merupakan rektor termuda di Indonesia, di mana usianya pada saat itu adalah 38 tahun.
Pada suatu ketika, ia terkesan dengan pidato dari seorang dekan di Sekolah Pemerintahan John F. Kennedy, Universitas Harvard, yakni Joseph Nye yang mengatakan bahwa salah satu keberhasilan di universitasnya adalah “admit only the best” alias hanya menerima mahasiswa terbaik. Melalui ide inilah Anies menggagas rekrutmen pelajar-pelajar terbaik di Indonesia. Strategi yang dikembangkan olehnya adalah mencanangkan “Paramadina Fellowship” atau beasiswa Paramadina yang mencakup biaya kuliah, buku, dan biaya hidup.
Istilah “Paramadina Fellowship” adalah perwujudan idealisme dengan bahasa bisnis. Hal ini dilakukan karena kesadaran bahwa dunia pendidikan dan bisnis memiliki pendekatan yang berbeda. Untuk mewujudkan itu, Anies mengadopsi konsep penamaan mahasiswa yang sudah lulus seperti yang biasa digunakan oleh universitas-universitas di Amerika Utara dan Eropa. Gebrakan lain yang dilakukannya adalah pendidikan antikorupsi di universitas yang ia pimpin dengan mengajarkan tentang teoretis hingga laporan investigatif perihal praktik korupsi.[21] Tindakannya menentang korupsi ditandai dengan tergabungnya Anies sebagai aktivis antikorupsi.
