Saat memperingati wafatnya Gus Dur pada tahun 2016, Muhaimin dalam editorial majalah Tempo bercerita tentang ayahnya yang menguburkan seorang Muslim abangan, menjadikannya sebagai contoh perilaku yang manusiawi. Muhaimin menambahkan, tulisan itu “membuat ayahnya terkenal”. Ia dan Gus Dur mempunyai hubungan kekerabatan jauh, Iskandar sering disebut sebagai keponakan Gus Dur.
Ia memulai dengan menjadi aktivis, pengurus partai, anggota dewan, hingga menjadi menteri. Sejak duduk dibangku kuliah, Muhaimin Iskandar aktif di tempat-tempat diskusi dan juga aktif di pergerakan mahasiswa.
Dia bergabung di Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII), dan terpilih menjadi ketua cabang PMII Yogyakarta pada 1994-1997. Selain itu, dia juga aktif di Komite Nasional Pemuda Indonesia (KNPI). Muhaimin Iskandar juga aktif di Lembaga Kajian Islam dan Sosial (LKiS) Yogyakarta, sebuah Lembaga yang merupakan rujukan pemikiran Islam progresif saat itu bahkan sampai saat ini.
Karier politik Muhaimin dimulai bersamaan lahirnya Era Reformasi. Pada tahun 1998, ia bersama tokoh-tokoh Nahdlatul Ulama termasuk Abdurrahman Wahid mendirikan Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) dan ia ditunjuk sebagai Sekretaris Jenderal (Sekjend).
Pada pemilu 1999, Muhaimin terpilih sebagai anggota DPR RI dari partai PKB. Di lembaga legislatif tersebut, pada usia 33 tahun, Muhaimin menjadi Wakil Ketua DPR RI 1999-2004. Dia termasuk pimpinan termuda di DPR yang pernah ada saat itu. Muhaimin juga pernah menjabat Wakil Ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) sejak 26 Maret 2018 hingga 30 September 2019. Ia bersama Ahmad Basarah dan Ahmad Muzani didapuk jadi Wakil Ketua MPR berdasarkan revisi Undang-undang tentang MPR, DPR, DPRD, dan DPD (MD3).
Di parlemen saat ini Muhaimin mengemban amanah sebagai Wakil Ketua Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) Bidang Kesejahteraan Rakyat untuk periode 2019-2024. Di pemerintahan, ia juga penah dipercaya Presiden Susilo Bambang Yudhoyo (SBY) menjadi Menteri Tenaga Kerja dan Transmigrasi periode 2009-2014.
