Kariernya terus meroket, setelah terpilih menjadi Ketua Umum PKB di Muktamar PKB Tahun 2005 di Semarang. Muhaimin berhasil menyelamatkan PKB dari dinamika politik yang terjadi di PKB antara tahun 2005-2009. Muhaimin berhasil membawa PKB keluar dari lubang jarum Parliamentary Treshold (PT) pemilu 2009, di tengah banyak pengamat memprediksi PKB tdk akan lolos PT akibat konflik.
Hanya dalam dua kali pemilu, 2014 dan 2019, Muhaimin berhasil bukan hanya mengembalikan suara PKB tapi juga membawa PKB melampaui perolehan suara dan kursi PKB pada saat pertama kali didirikan dan ikut Pemilu 1999. Saat Gus Dur masih menjadi tokoh sentral di PKB, kursi DPR RI PKB 2004 ada di 52 kursi dengan raihan suara 13 juta, sekarang di tangan Muhaimin, kursi PKB menjadi 58 kursi dengan suara 13,5 juta.
Beberapa buku yang pernah ditulisnya, antara lain; Melampaui Demokrasi; Merawat Bangsa dengan Visi Ulama (Klik.R, Yogyakarta, 2006); Momentum Untuk Bangkit, Percikan Pemikiran Ekonomi, Politik dan Kebangsaan (LKiS, 2009); Melanjutkan Pemikiran dan Perjuangan Gus Dur (LKiS, 2010); Intoleransi, Diskriminasi dan Politik Multikulturalisme (LKiS Yogyakarta),Visioning indonesia (LP3ES,2022) dan beberapa buku lainya.***
