Memasuki SMP, Ganjar dan keluarganya pindah ke Kutoarjo untuk mengikuti tempat tugas ayahnya. Selanjutnya, ia bersekolah di SMP Negeri 1 Kutoarjo atau saat ini menjadi SMP Negeri 3 Purworejo. Lulus dari sekolah menengah pertama melanjutkan ke jenjang SLTA di SMA Bopkri 1 Yogyakarta. Di SMA, ia aktif dalam kegiatan kepramukaan (Dewan Ambalan).
Menjelang kelulusan SMA pada akhir dekade 1980-an, sang ayah pensiun dari kedinasannya di Polri. Untuk memenuhi kebutuhan ekonomi keluarga, ibu Ganjar membuka warung kelontong, sementara ia sempat berjualan bensin di pinggir jalan.
Tamat SMA, ia melanjutkan kuliah di Fakultas Hukum Universitas Gadjah Mada. Di kampus, ia bergabung dengan Gerakan Mahasiswa Nasional Indonesia (GMNI) serta kegiatan pecinta alam di mana ia pernah melatih untuk SMA Negeri 8 Yogyakarta dan SMA Negeri 1 Sewon, Bantul. Selama kuliah di UGM, Ganjar mengaku sempat cuti kuliah selama dua semester akibat tidak memiliki biaya untuk perkuliahan.
Ganjar juga meraih gelar S2 (master) di jurusan Ilmu Politik dari Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Universitas Indonesia. Ganjar mengaku memiliki hobi demonstrasi semasa kuliah. Ia pernah mendemo rektor UGM kala itu (periode 1986-1990) Koesnadi Hardjasoemantri dan ikut serta dalam demonstrasi menolak penggusuran untuk proyek Waduk Kedungombo.
Tamat kuliah, Ganjar Pranowo awalnya bekerja di lembaga konsultan HRD di Jakarta yaitu PT Prakasa. Selain itu, ia juga pernah bekerja di PT Prastawana Karya Samitra dan PT Semeru Realindo Inti.
Aktif di GMNI dan mengagumi Soekarno, Ganjar awalnya menjadi simpatisan PDI. Tahun 1996, PDI dilanda konflik internal antara pendukung Soerjadi dan Megawati Soekarnoputri sebagai representasi trah Bung Karno. Ganjar ikut mendukung Megawati, meskipun ayahnya adalah seorang polisi sedangkan kakaknya seorang hakim yang oleh Orba seluruh pejabat publik dilarang berpolitik dan harus mendukung Golkar sepenuhnya. Ganjar akhirnya memilih berkarier di politik lewat Partai PDI-P yang dipimpin oleh Megawati Sukarnoputri.
