Seiring berjalannya waktu, ayahnya, Mahmodin mengganti nama menjadi Emmo Prawirotroemo ketika diangkat menjadi pegawai negeri sipil. Meski demikian, penamaan Mahmodin di belakang nama Mahfud tetap melekat. Pada akhirnya, Nama “Mahmodin” diakronimkan menjadi “MD”.
Dia mengenyam pendidikan dasarnya di sekolah dasar negeri dan juga mengikuti pendidikan keagamaan di madrasah ibtidaiah milik Pondok Pesantren Al-Mardhiyyah. Setelahnya, ia dipindahkan ke Pondok Pesantren Somber Lagah pimpinan Kyai Mardhiyyan di Tagangser Laok. Saat itu, Mahfud duduk di bangku kelas lima sekolah dasar.
Lalu, Mahfud melanjutkan jenjang sekolah menengah pertama di Pendidikan Guru Agama Negeri selama empat tahun dan bersekolah di Pendidikan Hakim Islam Negeri atau PHIN—setara dengan sekolah menengah atas atau madrasah aliah— di Yogyakarta. PHIN merupakan sekolah islam berbasis kejuruan terkait hukum dan tata negara.
Setelah lulus dari PHIN, Mahfud MD berkuliah di dua perguruan tinggi, yakni di Universitas Gajah Mada (UGM) jurusan Sastra Arab, dan Universitas Islam Indonesia (UII) jurusan Hukum Tata Negara. Mahfud lulus pada tahun 1983.
Setelah mendapatkan gelar sarjana, ia kemudian mengajar di almamaternya dan meneruskan kuliah program Pasca Sarjana S-2 bidang Ilmu Politik di UGM. Lalu melanjutkan pendidikan Doktor S-3, di bidang Ilmu Hukum Tata Negara pada program Pasca Sarjana UGM, dan lulus tahun 1993. Dan dinobatkan menjadi Guru Besar bidang Politik Hukum pada tahun 2000 di usia 43 tahun di Universitas Islam Indonesia.***
