Sebagai panglima Kostrad, Prabowo membawahi sekitar sebelas ribu pasukan cadangan ABRI. Sebagai panglima, Prabowo meminta Panglima Angkatan Bersenjata Jenderal Wiranto agar diizinkan untuk menggerakkan pasukan cadangannya dari luar Jakarta untuk membantu meredam kerusuhan Mei 1998.
Meskipun permintaan ini kemudian ditolak oleh Wiranto, Prabowo diduga menerbangkan ratusan orang yang telah dilatih oleh unit-unit Kopassus di bawah pengawasannya di Timor Timur dari Dili menuju Yogyakarta, kemudian menuju Jakarta menggunakan kereta api. Menurut beberapa sumber, Prabowo juga dimintai pertolongan oleh Mayor Jenderal Sjafrie Sjamsoeddin, Panglima Komando Operasi Jakarta Raya, untuk ikut mengirimkan pasukannya untuk mengamankan ibu kota. Permintaan ini dipenuhi oleh Prabowo dengan mengirimkan serdadu Kostrad untuk mengamankan beberapa bangunan penting, seperti rumah dinas Wakil Presiden B.J. Habibie di Kuningan.
Prabowo berperan membujuk Amien Rais, salah satu tokoh pemimpin gerakan reformasi, untuk membatalkan rencana digelarnya doa bersama di kawasan sekitar Monas untuk alasan keamanan. Pada 14 Mei, ia bertemu dengan beberapa penggerak reformasi seperti Adnan Buyung Nasution dan Bambang Widjojanto untuk mendiskusikan situasi yang tengah genting.
Presiden Soeharto mengumumkan pengunduran dirinya pada tanggal 21 Mei 1998. Penggantinya, Habibie, dilantik pada hari yang sama. Pada siang harinya, Prabowo menemui Habibie dan meminta agar dirinya ditunjuk sebagai Panglima ABRI menggantikan Wiranto. Justru, Habibie memberhentikan Prabowo dari jabatannya sebagai panglima Kostrad.
Prabowo yang berangkat mendatangi Istana Negara, namun dihalangi untuk bertemu presiden. Ia kemudian memerintahkan agar istana dikelilingi oleh tank dan serdadu Kostrad. Prabowo digantikan oleh Jenderal Johny Lumintang, yang hanya menjabat selama tujuh belas jam sebelum digantikan oleh Letnan Jenderal Djamari Chaniago.
Setelah diberhentikan, Prabowo menemui ayah mertuanya Soeharto, yang justru tidak mendukungnya. Ia akhirnya menerima penugasan sebagai komandan Sekolah Staf dan Komando ABRI di Bandung, menggantikan Letnan Jenderal Arie J. Kumaat.
